Theo các báo cáo, sự cố xảy ra tại sân bay quốc tế Nội Bài vào lúc 21h20 giờ địa phương ngày 24 tháng 6 năm 2023 khi chuyến bay AIQ645 đối chuẩn lên đường cất hạ cánh 11 Phải (11R) chuẩn bị cất cánh đến sân bay Đôn Mường, Thái Lan. Cũng thời điểm đó chuyến bay VJC943 cất cánh từ sân bay Đào Viên, Đài Loan chuẩn bị hạ cánh đường cất hạ cánh 11 Trái (11L) song song với đường cất hạ cánh 11R.

 Kiểm soát viên không lưu theo hoạch định cấp huấn lệnh cho tổ lái AIQ645 lên đường cất hạ cánh dừng chờ và chuyến bay VJC943 được phép cắt qua đường cất hạ cánh 11R. Tổ lái chuyến bay AIQ645 đã không nhắc lại đầy đủ huấn lệnh và kiểm soát viên không lưu cũng không phát hiện ra thiếu sót này. Chuyến bay AIQ645 thực hiện chạy đà cất cánh đường cất hạ cánh 11R trong khi chuyến bay VJC943 đang lăn qua đường cất hạ cánh này. Tại thời điểm chuyến bay AIQ645 nhấc bánh mũi và rời mặt đất khoảng giữa đường lăn S5 và S6, chuyến bay VJC943 đang ở giữa giao điểm đường cất hạ cánh 11R và đường lăn S8, khoảng cách giữa 2 máy bay cách nhau khoảng 1500m. Kiểm soát viên không lưu phát hiện ra tình huống chuyến bay AIQ645 chạy đà khi chuyến bay đã đạt vận tốc đến 127 Knots. Nhận thấy vận tốc chuyến bay gần đạt ngưỡng tốc độ quyết định cất cánh, kiểm soát viên không lưu đã không đưa ra huấn lệnh hủy bỏ cất cánh.

Sau khi tiếp nhận thông tin, Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam đã báo cáo Cục Hàng không Việt Nam và ra quyết định thành lập Tổ điều tra xác minh nội bộ do Trưởng ban An toàn - Chất lượng làm tổ trưởng, đồng thời chỉ đạo Công ty Quản lý bay miền Bắc thực hiện ngay công tác bình giảng rút kinh nghiệm về sự cố trên cho toàn bộ lực lượng kiểm soát viên không lưu. Tổ điều tra xác minh nội bộ đã khẩn trương thu thập hồ sơ dữ liệu có liên quan, làm việc với kíp trực điều hành bay để tiến hành xác minh và làm rõ công tác điều hành bay của từng cá nhân trong kíp trực ngày 24/6/2023. Qua đánh giá ban đầu, sự cố trên xảy ra do nguyên nhân sai sót trong việc thực hiện quy trình tác nghiệp của kiểm soát viên không lưu.

Tổ điều tra xác minh của Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam sẽ nhanh chóng hoàn thiện công tác điều tra và báo cáo kết quả lên Cục Hàng không Việt Nam theo quy định.